Hasta finales de 1804 la denominada Guerra de la Tercera Coalición se limitó a las acciones de dos naciones beligerantes: Gran Bretaña y Francia. En esta primera fase de las guerras napoleónicas la contienda fue, sobre todo, marítima. Napoleón consideraba que el único modo de librarse de la hostilidad de los británicos era invadir Inglaterra. Para alcanzar ese objetivo la Marina Imperial francesa debía lograr el control del canal de la Mancha. En julio de 1804 Bonaparte le escribe al comandante de la flota de Boulogne: «Déjennos adueñarnos del canal por seis horas y seremos los amos del mundo». En su libro «Vida política y militar de Napoleón» (1827), el general Antoine-Henri Jomini –miembro del Estado Mayor de Bonaparte– detalla los planes del emperador: con la protección de una escuadra de medio centenar de navíos de línea, el denominado Ejército de Inglaterra («Armée d’Angleterre») –formado por 150.000 soldados– desembarcaría en las costas inglesas y en cinco días tomaría Londres.
En diciembre de 1804 España declaró la guerra a Gran Bretaña. Con el ingreso de los españoles como nuevos aliados, Napoleón disponía ahora de poco más de cien navíos de línea contra unos ochenta navíos británicos en condiciones de prestar servicio. Hasta la entrada de España en la contienda, Francia recibía apoyo naval –con algo más de una docena de navíos de línea– sólo de la República Bátava, un estado satélite del Imperio francés en el territorio de los actuales Países Bajos. Las flotas neerlandesa, española y francesa estaban apostadas en los puertos de Texel, en Holanda; Ferrol, Cádiz y Cartagena, en España y Brest, Rochefort y Tolón, en Francia. Todas esas bases y sus aguas circundantes eran vigiladas por la Marina Real de Gran Bretaña. La intención de Bonaparte era reunir las fuerzas navales francesas con las de sus aliados en la isla de Martinica (en el Caribe, para distraer a la armada inglesa) y desde allí dirigirse a toda velocidad al canal de la Mancha. Sin embargo, sólo la escuadra de once navíos a las órdenes del vicealmirante Pierre-Charles Silvestre de Villeneuve logró eludir el bloqueo británico de Tolón en marzo de 1805. Tras sumar otros siete navíos de línea en Cádiz, arribó a Martinica a mediados de mayo. Ninguna flota aliada se presentó en el lugar y Villeneuve regresó a Europa. En el puerto de Ferrol incorporó catorce navíos a su escuadra y partió rumbo al canal de la Mancha. Con todo, la treintena de navíos de línea bajo su mando no era suficiente para enfrentar a la Marina Real británica. A finales de julio Villeneuve fue vencido en el combate del cabo Finisterre y un mes después retornó a Cádiz.
Entretanto, Napoleón se encontraba en Boulogne a la espera de que una flota de Francia asegurara el cruce del canal. Unas dos mil quinientas embarcaciones estaban listas para la invasión de Inglaterra. A finales de agosto los franceses hicieron un último intento de controlar el canal de la Mancha. El comandante de la escuadra de Brest, el vicealmirante Honoré Joseph Antoine Ganteaume, consiguió sortear el bloqueo británico y puso proa en dirección al canal. Pero su marcha fue interrumpida por la Marina Real y debió regresar a puerto. Bonaparte desistió de sus planes de conquista de Gran Bretaña y utilizó a las tropas desplegadas en el paso de Calais para crear el llamado «Gran Ejército» («Grande Armée») al que envió a luchar contra Austria y Rusia.
A mediados de septiembre Napoleón ordenó a Villeneuve zarpar de Cádiz hacia el Reino de Nápoles –ocupado por fuerzas militares británicas y rusas– y desembarcar con tropas en el sur de la península italiana. La rada de Cádiz estaba bloqueada por la flota inglesa –fondeada a 80 kilómetros del puerto andaluz– al mando del vicealmirante Horatio Nelson. Mientras ponía en condiciones a su escuadra, Villeneuve recibió a mediados de octubre la noticia de que Bonaparte había decidido relevarlo del comando de la flota franco-española y que su reemplazo, el vicealmirante François Étienne de Rosily-Mesros, se hallaba en camino. Así, Villeneuve resolvió adelantarse a la llegada de Rosily-Mesros y el 19 de octubre partió rumbo a Gibraltar con el propósito de alcanzar el mar Mediterráneo sin necesidad de disparar un solo cañonazo. Pero la falta de viento determinó que la escuadra combinada compuesta por treinta y tres navíos de línea (dieciocho de Francia y quince de España, con una tripulación conjunta de veinticinco mil soldados y marineros) sólo pudiera abandonar la bahía al amanecer del día siguiente. En el ínterin la flotilla de avanzada británica –anclada a 6 kilómetros de Cádiz– comunicó la novedad a Nelson quien salió en persecución de Villeneuve.
Al alba del 21 de octubre, Nelson divisó la escuadra franco-española al noroeste del cabo Trafalgar, en la costa de Andalucía. Con viento débil, a las ocho de la mañana Villeneuve ordenó virar en redondo para tener viento a favor en caso de batirse en retirada. El viento insuficiente y la falta de experiencia de la marinería hizo que la línea de batalla quedara mal formada. Entretanto, Nelson había dispuesto sus veintisiete navíos en dos columnas que avanzaban en dirección perpendicular a la línea de batalla de Villeneuve. Debido a la escasez de viento, las dos columnas –una al mando de Nelson a bordo de la nave insignia «Victory», otra a las órdenes del vicealmirante Cuthbert Collingwood en el «Royal Sovereign»– se aproximaban con lentitud a la flota napoleónica. La intención de Nelson era cortar la línea de batalla del adversario en tres partes, provocar el desorden en la escuadra enemiga y destruir su centro y retaguardia. Por ello su columna marchaba hacia donde se encontraba el buque insignia de Villeneuve, el «Bucentaure». Junto al «Bucentaure» se hallaba el «Santísima Trinidad» –uno de los navíos de línea más grandes de su época– capitaneado por quien sería el último virrey del Río de la Plata, el contraalmirante Baltasar Hidalgo de Cisneros. Al mediodía comenzó el combate. Cuando el fuego cesó, seis horas más tarde, los ingleses habían ganado la batalla, Nelson estaba muerto (junto a cuatrocientos cincuenta británicos y cuatro mil quinientos aliados), diecisiete barcos de Francia y España habían sido capturados, el navío galo «Achille» ardía y veinte mil franceses y españoles eran prisioneros, entre ellos, Villeneuve.
Trafalgar marcó el ocaso definitivo de la armada hispánica. Entre 1805 y 1853 no se construyeron en España nuevos navíos de línea; en ese lapso sólo una veintena de navíos prestaron servicio. Por otro lado, a finales de 1805 la Marina Imperial de Francia había quedado reducida a unos treinta navíos de línea. No obstante, Bonaparte pronto incorporó a su flota embarcaciones de los países conquistados. La victoria de Gran Bretaña en Trafalgar no alteró el curso de la guerra (favorable a Napoleón) pero confirmó la supremacía naval inglesa, un dominio que se extendería hasta las primeras décadas del siglo XX.
