El 30 de junio de 1810 Mariano Moreno firmó el decreto que designaba a Martín Jacobo Thompson como primer Capitán de Puerto criollo, incorporando así a las antiguas Capitanías de las Provincias Unidas del Río de la Plata como institución del nuevo Gobierno Patrio. Este hito histórico se convirtió en él acta de nacimiento de la actual Prefectura Naval Argentina.

Desde aquel 1810, la Prefectura, Autoridad Marítima Nacional cumplió con excelencia con su principal función: ser la fuerza a través de la cual el Estado Nacional ejerce el poder de policía se seguridad de la navegación.
Actualmente, más de 22.000 hombres y mujeres, especialmente capacitados, desarrollan tareas a lo largo de todo el país con la misma vocación de servicio que tuvo aquel joven Thompson, considerado el primer Prefecto Nacional Naval.
Como autoridad marítima argentina, la Prefectura Naval es la responsable de proteger la vida humana en las aguas y velar por la seguridad de la navegación tanto comercial, como deportiva y recreativa.
La inspección y certificación de las condiciones de seguridad de los buques es llevada a cabo por la Prefectura conforme a los convenios internacionales. En este sentido, desempeña funciones como Estado de Abanderamiento y respecto de los buques que recalan en su territorio, como Estado Rector de Puerto.
La custodia de los recursos pesqueros es una preocupación constante de las autoridades del país, ya que el Mar Argentino es uno de los caladeros más importantes del mundo.
Operativamente el control del mar se ejerce a través de los Servicios de Buques y de Aviación.
La prevención y la lucha contra los siniestros en las aguas, puertos y buques ocupan también un lugar destacado entre las responsabilidades asignadas a la Prefectura.
También cumple tareas de protección en los puertos bañados por aguas de jurisdicción nacional, es decir, aquellos que vinculan dos o más provincias y que por ser navegables sirven al comercio interjurisdiccional.
Los actuales escenarios mundiales han puesto a la Prefectura frente a nuevos desafíos. La seguridad pública y la lucha contra el narcotráfico representan uno de ellos.
Las diferentes situaciones que se plantean en la zona de frontera y la de los puertos con movimientos internacionales, hacen que el personal de la Prefectura deba estar preparado para hacer frente al tráfico internacional de estupefacientes, mercaderías y personas, lo que ha motivado su activa participación en cursos de entrenamiento en técnicas modernas de investigación, tanto en el país como en el exterior. Uno de los objetivos estratégicos de la Prefectura Naval Argentina es la capacitación continua de su personal.
En este sentido, la Dirección de Educación ha adoptado su sistema educativo al nacional, creando el Instituto Universitario de Seguridad Marítima, a través del cual los alumnos acceden a un título universitario que les permite desarrollar sus tareas con una sólida formación profesional.
En busca de la formación permanente de su personal, la Prefectura busca que sus efectivos asistan durante toda su carrera profesional a cursos de especialización, actualización y perfeccionamiento que satisfacen las exigencias del servicio y las nuevas demandas de la sociedad.
211 años después, la Fuerza sigue creciendo, pujante, mirando hacia el futuro, incorporando nuevas tecnologías, adaptándose a los nuevos retos que la sociedad moderna le demanda, profesionalizando a su personal.